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菜園休閒漁業區位於馬公市東南方的內灣，經過多年的開發，成為多元化的生態園區。範圍涵蓋雙湖園、興仁水庫、菜園生命紀念公園、菜園港東側和菜園魚塭之潮間帶，面積約82公頃。早在日治時期開始，菜園里的東側沿岸已築有魚塭，後來逐場所。在這裡除了全年可見澎湖的縣鳥一小雲雀，冬天時則有雁鴨科，甚至是保育類的黑面琵鷺會到這裡過冬，並且還可見到專門捕捉魚類的魚鷹出現。如此多樣的生態是因為菜園濕地有著上百種的植物，包含紅樹林植物海茄苳、欖李和水筆仔，提供生物們食物的來源，豐富的生態資源，讓菜園可以作為觀察自然生態及賞鳥的好去處。 除了生態之外，因為菜園里是濱海的漁村，這裡的居民以沿岸漁業及潮間帶撿拾為主。在1973年，臺灣省水產試驗所在菜園灣內輔導牡蠣養殖成功後，菜園的牡蠣養殖日漸興盛，成為當地主要的經濟產業，在這裡可見到成堆的蚵殼山，還能欣賞藝術家用牡犡殼堆疊而成的藝術作品。近年來以海為田的箱網養殖業也成為澎湖的漁業主力，並在漁業的觀光發展之下，民眾可以到海洋牧場了解人工箱網養殖的方式，還有釣海鱺、烏賊、吃碳烤牡蠣或蚵仔麵線等多種趣味活動。菜園休閒漁業區可說是一處兼具生態、保育、觀光休憩的多功能園區呢！